故事收死正在《甲贺忍法帖》10年后的宽永三年。为天下之权奋斗的历史当面、忍者团体甲贺与伊贺为了自身所效率的佣人睁开了连绝串忍法屠杀战争，并正在终究迎去了双圆齐灭的终局──那场奋斗完毕十年以后，宽永三年，甲贺五宝连所牵制、占有茅眼术支配能力的少年「甲贺五郎」，与伊贺五花撰中能运用盾眼术的少女「伊贺响」终究重遇，他们以支配超人之力、号称成寻众的秘密团体为目的，被卷进了一场意念没有到的战争当中。